Num 구하는 코딩의 위치가 잘못 되었습니다.
계속 반복해서 Num 값을 카운트해야 해야 하므로 for 문 안에 있어야 합니다.

For i = 1 To 인수2
Line Input #1, 버퍼
If i >= 인수1 Then

''''변수저장
담임코드 = Trim(Mid(버퍼, 29, 1))
지역코드 = Trim(Mid(버퍼, 31, 1))
국어점수 = Val(Mid(버퍼, 11, 3))

''''표처리
Select Case 담임코드
Case "A"
점수포인트 = 10
Case "B"
점수포인트 = 15
Case "C"
점수포인트 = 20
End Select

''''Num구하기
If 지역코드 = "B" And (국어점수 + 점수포인트) >= 50 Then
Num = Num + 1
End If
End If
Next i